生物所拥有12000平方米实验区和12000平方米的实验温室，现有21个科研创新平台，其中省部级以上研发平台13个，包括农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程、农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室等4个国家级共建研发平台；国家数字种业（作物育种）创新分中心、农业农村部农业基因组学重点实验室（北京）等5个部级研发平台和1个共建的北京市重点实验室；与巴西、巴基斯坦等联合建立4个国际合作平台。另有1个中关村实验室、2个科企联合实验室、3个院级研究平台和1个所级平台。
在海南三亚、河北廊坊、山东东营、新疆阿瓦提等地建成2个综合性和7个专业试验基地，满足了南繁北育和区域特色生物育种需求。
组建了国内首个全自动高通量3D成像植物表型组学研究平台、作物高光效高效筛查与鉴定平台、农业生物技术公共平台中心和农业生物大数据深度学习及智能设计技术平台；创建水稻和玉米EMS突变体库、水稻新型RNAi突变体库、水稻表观智能数据库等资源开放共享平台。
国家级平台 |
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1 |
农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程（共建） |
2 |
农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室（共建） |
3 |
玉米水稻种质创新与生物育种全国重点实验室（共建） |
4 |
国家合成生物技术创新中心（共建） |
部级重点实验室 |
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1 |
国家数字种业（作物育种）创新分中心 |
2 |
农业农村部农业基因组学重点实验室（北京） |
3 |
农业农村部农业微生物组学重点实验室 |
4 |
农业农村部农业转基因生物安全评价（分子）重点实验室 |
5 |
农业农村部植物及植物用微生物生态环境安全监督检验测试中心（北京） |
国际合作平台 |
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1 |
中国-巴西农业科学联合实验室 |
2 |
中国-巴基斯坦棉花生物技术联合实验室 |
3 |
中国农业科学院-国际水稻研究所光合作用提升与C4水稻创制联合实验室 |
4 |
中国-巴基斯坦水稻棉花生物技术专业科技创新院 |
北京市平台 |
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1 |
农业基因资源与生物技术北京市重点实验室（共建） |
2 |
北京市中关村开放实验室 |
院级平台 |
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1 |
中国农业科学院农作物分子生物学与生物技术重点开放实验室 |
2 |
中国农业科学院作物生物技术工程技术研究中心 |
3 |
中国农业科学院作物学科专业公共实验室（生物所） |
所级平台 |
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1 |
中国农业科学院生物技术研究所农业生物技术平台中心 |
科企联合实验室 |
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1 |
生物技术法规科学联合实验室 |
2 |
前沿生物技术交叉联合实验室 |